Zekai Kafaoğlu, 1961 yılında Balıkesir’in Gökçeyazı beldesinde doğdu. İlk ve ortaokulu burada tamamlayan Kafaoğlu, lise eğitimini Balıkesir İmam Hatip Lisesinde tamamladı.
İstanbul Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesinden mezun olan ve kamu hastanelerinde diş hekimi olarak görev yapan Kafaoğlu, Sağlık Bakanlığı Bakan Müşavirliğinden sonra Balıkesir Ağız ve Diş Sağlığı Merkezi Kurucu Başhekimliği görevinde bulundu.
Refah Partisi'nde İl Müfettişliği, Fazilet Partisi’nde İl Başkanlığı yapan Kafaoğlu, AK Parti Balıkesir Kurucu İl Başkan Yardımcılığı görevini de üstlendi.
Kafaoğlu, 1999 yılında Fazilet Partisi, 2002 ve 2007 yıllarında AK Parti’den milletvekili adayı oldu. 30 Mart 2014 yerel seçiminde AK Parti’den Altıeylül Belediye Başkanı seçildi.
2017 yılında Balıkesir Büyükşehir Belediye Başkanı Edip Uğur'un istifasından sonra Yeni Balıkesir Büyükşehir Belediye Başkanı Zekai Kafaoğlu oldu.
Zekai Kafaoğlu, evli, 3 çocuk babası ve 1 torun sahibidir.